Powieść rozpoczyna się wyjazdem ośmioletniego Marcina Borowicza z rodzinnego dworku w Gawronkach do elementarnej szkoły w Owczarach. Tam, pod okiem nauczyciela Ferdynanda Wieprzowicza, wiejskie dzieci poddawane są początkowej rusyfikacji, co potwierdza wizyta carskiego inspektora Piotra Nikołajewicza Jaczmieniewa, chwalącego kobiety za modlenie się po rosyjsku. Po trudnych egzaminach wstępnych, opłaconych korepetycjami u nauczyciela Majewskiego, Marcin dostaje się do męskiego gimnazjum w Klerykowie i zamieszkuje na stancji u «starej Przepiórzycy». Po początkowych trudnościach adaptacyjnych i bolesnej śmierci ukochanej matki Borowicz zaczyna ulegać podstępnym metodom nowych władz szkolnych — dyrektora Kriestoobriadnikowa i inspektora Majewskiego. Pedagodzy ci rezygnują z jawnej przemocy na rzecz przywilejów, zaproszeń do rosyjskiego teatru i faworyzowania lojalistów, co sprawia, że Marcin staje się gorliwym rusofilem, czyta rosyjską literaturę i uczestniczy w nabożeństwach w cerkwi.
Równolegle Żeromski przedstawia losy Andrzeja Radka, ubogiego syna fornala z Pajęczyna Dolnego. Dzięki wsparciu szlachetnego korepetytora Antoniego Paluszkiewicza («Kawki»), który dostrzegł w nim talent i zaszczepił miłość do nauki, Radek po śmierci opiekuna wyrusza pieszo z tobołkiem do Klerykowa. Znosząc nędzę, głód i upokorzenia ze strony zamożniejszych kolegów, zarabia na utrzymanie korepetycjami. Kiedy wreszcie nie wytrzymuje drwin złośliwego ucznia Tymkiewicza i dochodzi do bójki, przed natychmiastowym wydaleniem z gimnazjum ratuje go Marcin Borowicz, wstawiając się za nim u dyrekcji — moment ten zapoczątkowuje ich braterską przyjaźń.
Punktem zwrotnym całej powieści jest przybycie do siódmej klasy nowego ucznia z Warszawy, Bernarda Zygiera, podejrzewanego przez władze o tajną działalność niepodległościową. Podczas lekcji języka polskiego u zastraszonego nauczyciela Sztubera (Kostriulewa), w obecności czujnego inspektora Majewskiego, Zygier proszony o rozbiór gramatyczny zaczyna z pamięci recytować zakazaną «Redutę Ordona» Adama Mickiewicza. Płomienna, pełna dramatyzmu recytacja wywołuje wstrząs w sercach uczniów: Borowicz z rozpaczy i dumy zalewa się łzami, uświadamiając sobie swoją dotychczasową zdradę narodową. Młodzież zakłada tajne koło samokształceniowe na «górce» u kolegi Gontali, gdzie czytają dzieła Mickiewicza, Słowackiego i Lelewela. Gdy Majewski próbuje ich wytropić, Marcin mści się na szpiegu, obrzucając go w nocy grudami błota na bagnach. Powieść kończy się zdaniem matury, bolesnym rozczarowaniem miłosnym Marcina (jego ukochana Anna Stogowska «Biruta» zostaje z rodziną wywieziona w głąb Rosji) oraz braterskim uściskiem dłoni z Andrzejem Radkiem, symbolizującym gotowość polskiej młodzieży do dojrzałego życia i dalszej walki.